Theo đó cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi như sau:

1. Vụ Kế hoạch, Tài chính

2. Vụ Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế

3. Vụ Pháp chế, Thanh tra

4. Vụ Xây dựng cơ bản

5. Vụ Nguồn nước và Nước sạch nông thôn

6. Vụ An toàn đập

7. Văn phòng Tổng cục

8. Cục Quản lý công trình thủy lợi

9. Trung tâm Chính sách và Kỹ thuật thủy lợi

Các tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 8 là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; Tổ chức quy định tại khoản 9 là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục.

Văn phòng Tổng cục có 04 phòng; Cục Quản lý công trình thủy lợi có Văn phòng, 03 phòng và 01 chi cục.