Quyết định số 58/2014/QĐ-TTg ngày 22/10/2014 của Thủ tướng Chính phủ có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 12 năm 2014 và thay thế Quyết định số 03/2010/QĐ-TTg ngày 25 tháng 01 năm 2010 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Theo đó, cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi bao gồm: Lãnh đạo Tổng cục và 11 đơn vị trực thuộc.

Lãnh đạo Tổng cục

1. Tổng cục Thủy lợi có Tổng cục trưởng và không quá 03 Phó Tổng cục trưởng.

2. Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy lợi do Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn kiêm nhiệm, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Tổng cục.

Các Phó Tổng cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quyết định, bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định của pháp luật.

3. Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy lợi quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của các cơ quan, đơn vị trực thuộc Tổng cục; trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Cục Phòng, chống thiên tai; ban hành Quy chế làm việc của Tổng cục; bổ nhiệm, miễn nhiệm các chức danh lãnh đạo, quản lý thuộc Tổng cục theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

4. Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy lợi chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Tổng cục. Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thủy lợi chịu trách nhiệm trước Tổng cục trưởng và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công phụ trách.

Cơ cấu tổ chức

1. Vụ Kế hoạch, Tài chính

2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế

3. Vụ Pháp chế, Thanh tra

4. Vụ Quản lý xây dựng cơ bản

5. Vụ Quản lý nguồn nước và nước sạch nông thôn

6. Vụ Quản lý công trình thủy lợi và an toàn đập.

7. Vụ Quản lý đê điều.

8. Văn phòng Tổng cục (có đại diện tại Thành phố Hồ Chí Minh).

9. Cục Phòng, chống thiên tai (có Chi cục Phòng, chống thiên tai miền Trung và Tây Nguyên và Chi cục Phòng, chống thiên tai miền Nam).

10. Trung tâm Phòng, tránh và giảm nhẹ thiên tai

11. Trung tâm Tư vấn và Chuyển giao công nghệ thủy lợi

Trong số 11 đơn vị trực thuộc, 09 tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 02 tổ chức là đơn vị sự nghiệp công lập.