Ngày 03/7/2017, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 25/2017/QĐ-TTg thay thế Quyết định số 58/3014/QĐ-TTg ngày 22/10/2014, quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Ngày 11/7/2019, Thủ tướng Chính phủ  ban hành Quyết định số 24/2019/QĐ-TTg sửa đổi Điều 3 Quyết định số 25/2017/QĐ-TTg ngày 3/7/2017 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Quyết định có hiệu lực thi hành từ ngày 01/9/2019.